首先，微商城和小程序都可以在微信公众号里面进行关联。但本质上的微商城，大家可以理解成是一个手机购物商城的网站，只是应用了许多微信公众号里面很多的接口而已。而小程序则是微信里面的一种应用，是必须要在微信里面才能打开。
所以说，微商城和小程序本质上是没有冲突的。同等功能的情况下，小程序的开发费用会大于微商城的开发费用。
其次，微商城和小程序还有如下的三点区别：
1.入口区别
微商城和小程序除了都可以通过公众号进入外，小程序的入口更多如微信下拉，附近的小程序;
2.体验与传播区别
微商城说白了是手机商城网站,小程序则更像是APP的一种应用，体验好且更易于分享传播;
3.审核区别
微商城一般只需要有备案号即可，小程序除了备案号，上架前微信官方还需要审核对应的资质，如卖食品需要食品经营许可证等。
